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2020년 9월 8일 문재인 대통령은 초대 질병관리청장에 정은경 현 질병관리본부장을 내정했다. 정 내정자는 1965년생으로 보건연구관에 경력채용돼 이후 보건복지부 응급의료과장과 질병정책과장을 거쳐 질병관리본부 질병예방센터장과 긴급상황센터장 등을 거쳐 현재 질병관리본부장을 맡고 있다.

앞서 문 대통령이 주재한 오늘 국무회의에서는 질병관리본부를 청으로 승격하고 보건복지부에 복수 차관을 도입하는 법률 개정안이 통과되었었다.

강민석 청와대 대변인은 브리핑에서 "정 내정자가 그간 방역 최일선에서 코로나 위기 극복 위해 최선의 노력을 다했고 우리나라가 코로나19 방역 모범국으로 자리잡는 데 핵심 역할을 했다."라고 밝히며 "첫 질병관리청장으로 우리나라 감영병 대응과 질병 관리 예방 체계를 한 단계 도약시켜 나갈 것으로 기대한다"라고 이야기했다.